Μεταθανάτια, έλαβε τον τίτλο του ναυάρχου από τη Ρωσία, πρωτοφανής τιμή για γυναίκα.
.........
Ο Εθνικός Ξεσηκωμός βρήκε την Μπουμπουλίνα «πεντηκοντούτιδα, ωραίαν, αρειμάνιον ως αμαζόνα, επιβλητικήν καπετάνισσαν, προ της οποίας ο άνανδρος ησχύνετο και ο ανδρείος υπεχώρει», όπως τη σκιαγράφησε ο δημοσιογράφος και ιστορικός Ιωάννης Φιλήμων. Ξόδευε την περιουσία της, όχι μόνο για τη διατήρηση των πλοίων της, αλλά και για τα στρατεύματα στην ξηρά. Συμμετείχε με το πλοίο της «Αγαμέμνων» στον αποκλεισμό του Ναυπλίου και ανεφοδίασε με δικές της δαπάνες τους υπερασπιστές του Άργους. Σε μια έφοδο των Τούρκων υπό τον Κεχαγιάμπεη σκοτώθηκε ο γιος της Ιωάννης Γιάννουζας.
Στη συνέχεια έλαβε μέρος στον αποκλεισμό της Μονεμβασίας, στην πολιορκία και την άλωση του Ναυπλίου και της Τριπόλεως, στην οποία εισήλθε πάνω σε λευκό ίππο και έσωσε τα χαρέμια του Χουρσίτ Πασά από τη μήνη των πολιορκητών.
Μετά την άλωση του Ναυπλίου, το Νοέμβριο του 1822, η Μπουμπουλίνα εγκαταστάθηκε στην πόλη (έδρα της προσωρινής κυβέρνησης), όπου έζησε έως τα μέσα του 1824. Εκδιώχθηκε από το Ναύπλιο κατά τη διάρκεια του εμφυλίου πολέμου, όταν πήρε το μέρος του φυλακισμένου Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, με τον οποίο είχε συγγενέψει, από το γάμο της κόρης της Ελένης με τον γιο του Πάνο. Οι κυβερνητικοί σκότωσαν τον γαμπρό της και από την ίδια αφαίρεσαν το κομμάτι γης που της είχαν δώσει για τις υπηρεσίες της στον Αγώνα.
O θάνατος της Μπουμπουλίνας
Έτσι, η Μπουμπουλίνα επέστρεψε πικραμένη στις Σπέτσες και εγκαταστάθηκε στο σπίτι του δεύτερου συζύγου της, μόνη με τα υπολείμματα της περιουσίας της, μέχρι το τέλος της ζωής της, που δεν άργησε να έλθει.
Τον Μάιο του 1825 ο γιος της Γεώργιος Γιάννουζας κλέφτηκε με την Ευγενία Κούτση, κουνιάδα του ετεροθαλούς αδελφού της Μπουμπουλίνας, Λάζαρου Ορλόφ. Ο Ορλόφ, συνοδευόμενος από μέλη της οικογένειας Κούτση, πήγε στο σπίτι της Μπουμπουλίνας σε αναζήτηση της Ευγενίας. Στη λογομαχία που ακολούθησε, κάποιος πυροβόλησε και χτύπησε στο μέτωπο την Μπουμπουλίνα, που έπεσε νεκρή (22 Μαΐου). Δεν έχει διαλευκανθεί αν ήταν τυχαίο περιστατικό ή δολοφονία. Τα οστά της εναποτέθηκαν στον ιδιόκτητο ναΐσκο του Αγίου Ιωάννου.
Οι απόγονοι της Μπουμπουλίνας δώρισαν το πλοίο «Αγαμέμνων» στο νεοσύστατο κράτος, το οποίο έγινε η ναυαρχίδα του Ελληνικού Στόλου με το όνομα «Σπέτσαι». Ανατινάχθηκε από τον Ανδρέα Μιαούλη στον Πόρο κατά τη διάρκεια των πολιτικών ταραχών της 29ης Ιουλίου 1831.
Το αρχοντικό της Μπουμπουλίνας στις Σπέτσες είναι σήμερα Μουσείο. Περιλαμβάνει συλλογή όπλων, επιστολές και άλλα αρχεία, παλιά βιβλία, πορτραίτα της Μπουμπουλίνας, προσωπικά της αντικείμενα, έπιπλα και διακρίσεις που τις είχαν απονείμει κυρίως ξένες κυβερνήσεις.
Μεταθανάτια έλαβε τον τίτλο του ναυάρχου από τη Ρωσία, πρωτοφανής τιμή για γυναίκα.
Το 2018, ήταν η σειρά της πατρίδας της να την τιμήσει. Με απόφαση του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας (ΦΕΚ 373, Τεύχος Γ, της 11 Απριλίου), της απονεμήθηκε ο βαθμός του υποναυάρχου επί τιμή, ο Πολεμικός Σταυρός Α ‘ Τάξεως και το Μετάλλιο Εξαίρετων Πράξεων, για « τον απαράμιλλο ηρωισμό της, την αυτοθυσία και την αφοσίωση που επέδειξε προς το Ελληνικό Έθνος, τα οποία την κατέστησαν στη μνήμη όλων των Ελλήνων και Ελληνίδων ως Εθνικό ιδεώδες», σύμφωνα με το αιτιολογικό της απόφασης.